Le mouvement pour la science ouverte a depuis quelques années pris une ampleur inédite. Les questions autour de la reproductibilité des résultats de publications scientifiques s'inscrivent naturellement dans cette dynamique. Elles sont d'une importance capitale pour assurer la transparence de la science, la confiance de la société, et sont en lien fort avec les problématiques d'éthique de la science.
Dans la pratique, assurer la reproductibilité d'une publication est complexe, dépendant de nombreux facteurs dont l'accès aux éléments comme les données et les codes ne sont pas les moindres. En matière de reproductibilité computationnelle, l'ouverture des logiciels ne suffit bien souvent pas.
Cette formation s'inscrit dans cette évolution, afin de donner aux participantes et aux participants tous les éléments pour aller dans le sens de plus de reproductibilité.
Pour assurer la reproductibilité computationnelle d'un résultat scientifique, il est en premier lieu indispensable d'avoir accès au logiciel. Cette ouverture du code ne suffit pas, il faut être en mesure de bien comprendre comment il fonctionne et comment l'utiliser. Les logiciels sont des objets complexes qui vivent dans un environnement qui peut être très compliqué à mettre en œuvre. Pour pouvoir les utiliser, il faut être en mesure de reproduire cet environnement.
Toutes ces étapes facilitent le cheminement vers plus de reproductibilité, et seront abordées pendant cette formation.
Axe 1 : Ouvrir
Licences libres, propriété intellectuelle
Forges logicielles, choix et utilisation en vue d'améliorer la reproductibilité (intégration continue, ...)
Axe 2 : Documenter
Bonnes pratiques autour de la documentation des logiciels, outils de génération automatique
Ressources disponibles pour accompagner ces usages : notebooks, binder, ...
Axe 3 : Exécuter
Outils pour un environnement reproductible (gestionnaires d'environnements logiciels, conteneurs)
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